33년 뒤의 고담시는 부패와 탐욕, 범죄로 썩어가고 있다. 고담시를 썩게하는 것은 천재적인 두뇌를 가진 희대의 펭귄맨(대니 드비토 분)과 맥스 쉐릭 백화점을 거점으로 하는 부도덕한 백만장자 맥스 쉐릭(크리스토퍼 월켄 분)이다. 특히 펭귄은 그에게 충성을 바치는 펭귄 군단과 붉은 서커스단으로 불리는 악당들을 동원해 고담 시민을 위협하고 배트맨마저 없애려 한다. 배트맨은 검은 쌍날 등이 부착된 배트 모밀과 배트 미사일, 배트 보트로 무장하고 악을 처단하기 위해 고담시로 돌아온다. 그러나 펭귄은 그리 호락호락한 적수가 아닐 뿐더러, 예상치 못한 또 하나의 적수 캣우먼(미쉘 파이퍼 분)을 만난다. 캣우먼인 셀리나는 고담시의 못된 재벌 맥스 쉐릭의 얌전한 여비서였다. 하지만 상관 맥스의 비리를 알게 되자 그에게...
